在实际工作中境内企业在佣金支付时存在以下几方面问题：一是未严格执行限额扣除规定，存在佣金支付超标现象。企业佣金支付有按销售金额比例、销售数量比例、销售货物重量比例等多重支付标准。税务人员在汇算清缴数据审核时如未及时将每单合同的佣金支出重新按单笔合同收入金额的5%计算扣除限额，就会忽视对超限额部分的纳税调整。

所以百惠会计事务所认为，税务机关应当严格加强对佣金的审核。一可以严格执行限额列支佣金的规定。二可以通过多种渠道对佣金服务的真实性进行验证 三可以将佣金管理作为日常管理的重要内容。

由于现在的佣金支付与结汇时点不同步，且多为滞后支付。企业通常凭借境外佣金服务商提供的发票，按其要求的时点将佣金汇入其提供的账号，佣金支付与结汇往往不同步，加上关于“企业应当如实向当地主管税务机关提供当年手续费及佣金计算分配表和其他相关资料”的规定未能真正履行，仅凭一张发票，税务人员无法结合佣金费用与出口销售的相关单证进行完整性与逻辑性方面的审核，也无法将佣金与对应的销售合同进行比对从而计算允许扣除的支付限额。

佣金支付滞后还可能会导致费用入账的时间有人为控制的痕迹，甚至提供了利润调节的空间。随着近年来跨境交易量的增加，佣金支付所涉及的行业越来越多，发生的金额也越来越大。